В разделе 2.2.2 в отчете за 2018год указывались Доходы от использования имущества, находящегося в государственной собственности и переданного в аренду и от Доходы от операций с активами. В инструкции по заполнению отчета за 2019год в В разделе 2.2.2 написано прочие доходы, субсидии, гранты и.т.п. Безвозмездные ! поступления. Как быть? Указывать суммы по аренде и выбытию активов или нет?

Не нужно указывать суммы по аренде и выбытию активов.
В таблице «Сведения о прочих доходах» учреждение указывает суммы прочих доходов от грантов, субсидий, пожертвований и прочих безвозмездных поступлений с указанием наименования грантодателя (при наличии), за исключением средств субсидий, поступающих от Учредителя.