Министерство науки и
высшего образования
Российской Федерации
Портал
информационного взаимодействияс учреждениями, подведомственными Минобрнауки России

В формате сбора Министерством иностранцы не выделяются в отдельные строки. Надо ли их указывать в причине отклонения (нет/есть отклонения), в каких случаях?

Зависит от конкретных случаев, отклонения по иностранцам указывать можно.