Произошло слияние образовательных организаций. В рабочих кабинетах есть возможность отчета только для каждой организации по отдельности. Как быть?

Такая ситуация означает, что последнее в отчетном году Государственное задание выдавалось отдельно каждой организации, поэтому  и отчет подается каждой организацией отдельно.