При заполнении отчета о публикационной активности в поле «Перечень тем авторов» учитываются ли НИОКР по грантам РНФ и РФФИ?

Да, учитываются. Если автор использовал в публикации результаты грантов РНФ и РФФИ, то в поле «Перечень тем автора» указываются номера государственной регистрации тем в ЕГИСУ НИОКТР.