Министерство науки и
высшего образования
Российской Федерации
Портал
информационного взаимодействияс учреждениями, подведомственными Минобрнауки России

При заполнении формы в разделе «Оценка финансовой устойчивости учреждений в текущей ситуации» (отчетный месяц Май Уточнение 1) нет возможности вручную проставить фактический остаток на начало 2020 года.

Вы правы, такой возможности нет. Остаток на начало года вручную можно проставить только в графе 10, в следующих графах он равен остатку в графе 10. Потому что остаток на НАЧАЛО года должен быть одинаковым и в мае и в августе.