Министерство науки и
высшего образования
Российской Федерации
Портал
информационного взаимодействияс учреждениями, подведомственными Минобрнауки России

При заполнение таблицы 4 должен ли браться только фонд оплаты по стимулирующим выплатам ?

Нет, все выплаты, которые назначены организацией, а не учредителем (включая совместительство, надбавки, договоры ГПХ и др.).