Министерство науки и
высшего образования
Российской Федерации
Портал
информационного взаимодействияс организациями и учреждениями, участниками бюджетного процесса Минобрнауки России

Предусмотрена ли интеграция данной системы с сайтом zakupki.gov.ru?

Нет, c сайтом zakupki.gov.ru интеграция АСУ ПФХД не предусмотрена.