Правильно ли, что не суммируются безвозмездные поступления в виде грантов и не попадают в общие доходы от приносящей доход деятельности?

Да, правильно. Строка «3.4.6.1. — из них гранты» входит в строку 3.4.6 Безвозмездные денежные поступления.