После того, как Минобрнауки России согласовал ПФХД в «Электронном бюджете » и приведение в соответствие показателей ПФХД на cbias.ru в каком формате необходимо загрузить подписанный ПФХД на cbias.ru? Подписанную ЭП версию из Электронного бюджета или сканированную версию, сформированную из cbias и далее подписанную на бумаге?

Достаточно с подписью ЭП.