Подскажите пожалуйста , как отражать расходы по КВР 111 по ЗП наука или по плану ФХД ? Так как КОСГУ 266 отражается в расходах по КВР 111, но не входит в ЗП наука.

В таблице 2.4. «Данные о кассовых и плановых поступлениях и выплатах в соответствии с планом финансово-хозяйственной деятельности учреждения» данные приводятся именно в соответствии с ПФХД.
В рамках таблицы 1.5 «Сведения о численности работников учреждения» расчет СЗП сотрудников в разрезе категорий реализуется в соответствии с данными статистики (ЗП-Наука).