По форме «Сбора информации о выплатах руководителю» при заполнение таблицы 4. должен ли браться только фонд оплаты по стимулирующим выплатам ?

Нет, все выплаты, которые назначены организацией, а не учредителем (включая совместительство, надбавки, договоры ГПХ и др.)