Министерство науки и
высшего образования
Российской Федерации
Портал
информационного взаимодействияс учреждениями, подведомственными Минобрнауки России

ПФХД состоит из головной организации и филиала, ЭБ не дает возможности выгрузки сводных обоснований, загружать обоснования отдельного головной организации и филиала?

Да, только объедините в один файл.