Обязательно ли заполнение отчета по МОНОГРАФИЯМ, если они не учитывались в государственном задании? И будут ли они как-то учитываться в этом случае?

Отчет по монографиям нужно формировать только в том случае если они у Вашей организации есть. По государственному заданию качественный показатель исполнения это комплексный балл публикационной результативности (КБПР). Выполнение качественного показателя возможно как за счет монографий, так и за счет публикаций в индексируемых периодических изданиях.