Мы внесли изменения в план ФХД. Он подписан и утвержден в новой версии. Надо ли его опубликовывать на bus.gov.ru и как?

Да, надо. На bus.gov можно загрузить ПФХД следующим образом:
1. Вручную (статус в АСУ ПФХД автоматически не поменяется на «Опубликован»);
2. Путем выгрузки xml из АСУ ПФХД (статус в АСУ ПФХД автоматически не поменяется на «Опубликован»);
3. С помощью функции «Отправить на bus.gov.ru», причем в полях «Логин» и «Gароль» необходимо вводить доступ от эл. ключа bus.gov.  В случае успешной отправки данных статус в АСУ ПФХД может поменяться автоматически на «Опубликован».