Министерство науки и
высшего образования
Российской Федерации
Портал
информационного взаимодействияс учреждениями, подведомственными Минобрнауки России

Можно получить логин и пароль для филиала? Головной вуз может зайти в систему, а я, как филиал, не могу.

Филиалы не регистрируются на портале.
В вашем случае есть два пути решения проблемы:
1. Головная организация регистрирует Вас  как пользователя, т.е. заявление должно быть  заверено руководителем головной организации.
2. Головная организация передает Вам регистрационные данные (логин, пароль) для работы в какой-то из информационных систем.