Если в течение года были кадровые перестановки: менялись проректора на одной и той же должности, менялись должности проректоров, то по каким должностям нужно заполнять сведения о заработной плате? По состоянию на конец года или по всем занимаемым в течение 2018 года?

Заполняйте сведения о заработной плате по должностям на конец года.