Министерство науки и
высшего образования
Российской Федерации
Портал
информационного взаимодействияс организациями и учреждениями, участниками бюджетного процесса Минобрнауки России

Будут ли данные заполняться в следующих месяцах автоматически из мониторинга прошлого месяца?

Нет. Данные рассчитываются автоматически только в рамках одного сбора (текущего месяца).